RNA芯片探针杂交效率的影响因素分析

论文发布时间：[2009-10-22] 范文大全编辑：Voive.net

所有作者：严国权郭江峰丁先锋

作者单位：浙江理工大学生物工程研究所

论文摘要：对加强型绿色荧光蛋白（EGFP）RNA序列进行覆瓦式探针设计，制作了原位合成芯片，研究探针/靶序列杂交双链ΔG、Tm、靶序列二级结构和探针末端碱基因素对芯片杂交信号值的影响。结果表明，相同ΔG和Tm值的探针/靶序列杂交双链的杂交信号值存在较大差异，探针/靶序列杂交双链ΔG和Tm值对芯片杂交信号值影响没有明显的规律性；表征靶序列二级结构信息的探针PT-sc参数与芯片杂交信号值间呈较好的线性关系；探针５’末端碱基组成对芯片杂交信号值也有影响，５’末端碱基为G/C的探针杂交信号值总体上高于其邻近的５’末端碱基为A/T的探针的杂交信号值。

关键词：覆瓦式探针 RNA芯片二级结构探针/靶序列杂交双链

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